Wraz z rozwojem połączeń kolejowych przechodzących przez Toruń na początku lat 70. XIX wieku – linia z Poznania do Wystrucia (dziś Czerniachowsk) – stało się jasne, że konieczna jest rozbudowa dworca. Zlikwidowano pierwotny i wybudowano nowy, istniejący do dziś gmach dworca, nieco na południowy zachód od poprzedniego, który oddano do użytku 1 lutego 1874 roku. Założenie ma charakter wyspowy, tj. tory przebiegają po obu jego stronach. Nowy budynek dworcowy, po licznych przebudowach na początku XX wieku, prezentuje styl historyzujący z elementami charakterystycznymi dla neogotyku angielskiego i neorenesansu. Powstały kompleks dworcowy powiększano z biegiem lat o nastawnię, dwie parowozownie, stację pomp, magazyny zbożowe i towarowe, rampy, lodownię, liczne obiekty służbowe, budynki mieszkalne dla kolejarzy, dworzec towarowy, budynek WC, izbę handlową, noclegownię a nawet mały areszt. W budynku głównym umieszczono m. in.: halę główną, kasy, ekspedycję, odprawę celną, stację telegrafu, pocztę, poczekalnie I, II i III klasy, pokoje dla osób uprzywilejowanych.